Como o nome já diz, controla a saúde dos trabalhadores. Este programa toma como base os levantamentos do PPRA. A partir da exposição dos trabalhadores aos agentes agressivos é moldado o PCMSO. É realizado através de exames admissionais, mudança de função, retorno ao trabalho e demissional. Quando necessário são realizados exames complementares laboratoriais afim de conhecer a evolução à exposição aos agentes agressivos.

Instituído pela NR 9 da Portaria 3.214/78 do MTE. Visa levantar os agentes agressivos existentes nos ambientes de trabalho conforme o perfil de cada organização. Após a realização do levantamento é elaborado um cronograma de ação para a eliminação, neutralização ou controle dos agentes agressivos. Sua atualização é anual ou conforme necessidade (mudança no processo ou ambiente).

Levantamento realizado nos ambientes de trabalho pelo Engenheiro de Segurança ou Médico do Trabalho. São mensurados valores de concentrações de produtos químicos, níveis de pressão sonora, índices de iluminação, temperatura do ambiente, existentes nos ambientes de trabalho. Este trabalho é moldado à necessidade de cada empresa.